日常生活用水以及工業生產中用水都是以天然水為水源，經過超純水系統過濾，除去水中所含的雜質以達到相關用水領域的水質要求。

　　一般來說，超純水系統選擇的水源首先考慮地下水，如果地下水水量不足，水質不能滿足要求時，然后才考慮地面水，地下水特別是深層地下水比地面水有下列優點：

　　1、深層地下水大都先經過較長距離的砂層，進行了天然的過濾，所以水質清澈，幾乎沒有細菌，選用這樣的水源，使得超純水系統制備純水的效率更高。

　　2、地下水的溫度比較穩定，終年保持在一定的范圍之內，即使在夏季，水溫也不受影響，因此經過超純水系統制備之后，用于像工業冷卻水用水很合適。

　　3、由于河流受洪水影響常帶有大量的泥沙，造成處理上的困難，另一方面，地面水暴露在大氣中，容易受到污染，不經過超純水系統制備不能直接應用在一些對水質要求很高的行業中。

　　當然地下用水也存在缺點，比如含礦物質較高，如果直接拿來作為工業用水的話，不符合水質要求，同時，地下水的開采比較麻煩。超純水系統的水源可以使地面水、地下水或者是一般的天然水，超純水系統這些源水通過特殊工藝的處理之后，得到至純的超純水。